其次,指令具体内容不同。《克隆人战争》动画中,西迪厄斯发给雷克斯的命令以“执行第66号指令”这句话结尾,但根据雷克斯接到指令之后的行动来看,具体的指令内容并不只有这一句话。在之后的情节中,雷克斯声称奉西迪厄斯的“特殊指令”,下令处决已经脱离绝地武士图的阿索卡·塔诺(under special order from Darth Sidious to eliminate Ahsoka Tano),以及被押送往科洛桑的达斯·摩尔。阿索卡从舰桥的第一次围攻中逃脱后,雷克斯对负责押送摩尔的首都突击兵下令“处决摩尔”。这从侧面说明,雷克斯很可能是唯一收到“处决摩尔”指令的军官。
这一点似乎在漫画《达斯·维达:西斯黑暗尊主》(Darth Vader: Dark Lord of the Sith)第17期得到印证。流亡绝地费伦·巴尔对追捕自己的克隆人士兵说出“执行第66号指令”,使他们开始无差别攻击曾经身为绝地的帝国裁判官们。但费伦·巴尔下令的同时也使用了控心术,所以还不能完全确定克隆人士兵的攻击行为是出于关键词激活的强制攻击,还是控心术造成的思维误导。